Zum Messaufbau: Der Messdraht wird an beiden Enden des Maschinenbettes in der Achse des Messmikroskops befestigt. Auf der einen Seite erfolgt dies individuell, auf der zweiten Seite mit Hilfe einer speziellen Halterung, bei welcher der Draht über eine Rolle geführt und mit einem Gewicht straff gespannt wird (Anordnung nach DIN ISO 8606, sowie DIN ISO 230-1).
Der Fluchtlinienprüfer wird entweder auf dem Schlitten der Maschine oder auf eine entsprechende Messbasis aufgesetzt. Mittels Höhen- und Seitenverstellung wird der Messdraht in den Fokus gestellt. Nun wird der Messdraht so ausgerichtet, dass bei Anfangs- und Endstellung des Schlittens gleiche Werte angezeigt werden – also möglichst parallel zur Verfahrachse ist. Das Justieren des Drahtes erfolgt über die Drahthalterung mit der Rolle, welche sich in zwei Richtungen fein verstellen lässt.
In der jeweiligen Messposition wird das Mikroskop mit dem Draht zu Übereinstimmung gebracht. Dafür wird mit einer Feinverstellschraube solange fein justiert, bis sich die beiden Bilder im Schnittbildokular überdecken. Die Messung erfolgt nun entweder direkt durch Ablesen, oder aber indem die Messwerte drahtlos in den PC gesendet werden.
Mit entsprechenden Softwareprogrammen werden diese Einzelwerte anschliessend als Geradheit dargestellt. Die Messung kann nach ISO, Regression oder nach Endpunkten ausgewertet werden.